Dado que los ancestros comunes deben originarse en un lugar geográfico concreto, la divergencia de las especies ocurre no solo en el tiempo sino también en el espacio. Por lo tanto, la distribución espacial de las especies debería ser coherente con las relaciones geográficas predichas por la teoría de la evolución. Al árbol filogenético estándar predice que las especies nuevas deben originarse cerca de las especies originales de las que se derivan. Es decir, las especies actuales que estén estrechamente relacionadas según criterios anatómicos y bioquímicos deberán encontrarse próximas geográficamente, independientemente de sus hábitats y adaptaciones específicas. Si no lo están deberá existir una explicación lógica, por ejemplo algo que facilite la movilidad (sería el caso de los animales marinos, las aves y las especies transportadas por el hombre, entre otros), la deriva de los continentes o un proceso de divergencia especialmente lejano en el tiempo. En este sentido, la distribución biogeográfica actual debería reflejar la historia de sus orígenes.
Desde posturas creacionistas se podría predecir que la distribución de las especies se corresponderá con la distribución de sus hábitats respectivos, sin embargo, la macroevolución predice justo lo contrario, es decir, la teoría de la evolución predice que deben existir muchos lugares en los que una determinada especie podría vivir y reproducirse con éxito y sin embargo esta especie no se encuentra de forma natural en dichas regiones a causa de barreras geográficas.
Los marsupiales constituyen un buen ejemplo del cumplimiento de esta predicción de la teoría de Darwin. La práctica totalidad de los marsupiales solo viven en Australia, y las escasas excepciones, que se encuentran en América del Sur, pueden explicarse mediante la deriva continental, ya que Australia y Sudamérica formaron parte del continente Gondwana hace entre 500 y 200 millones de años. Por otro lado, los mamíferos placentarios no existían en Australia hasta que fueron llevados allí por los humanos, a pesar de que una vez allí se han extendido con rapidez y Australia se ha revelado con un hábitat perfecto para muchos de ellos.
A partir de la teoría del ancestro común y de lo que sabemos sobre la distribución de las especies podemos predecir que nunca encontraremos elefantes en islas distantes del pacífico, incluso aunque estos vivirían muy bien en ese ambiente. Del mismo modo predecimos que no encontraremos anfibios en islas remotas, ni cactus indígenas en Australia. En definitiva, las especies estrechamente relacionadas podrían estar distribuidas por todo el mundo de acuerdo con aquellos hábitats que le sean más favorables pero, tal y como predice la teoría de la evolución, esto no ocurre. Si esto ocurriese sería un serio problema para explicar el origen de las especies a partir de un ancestro común pero una vez más la evolución acierta y el creacionismo falla.
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